Am 21. April 1967 kam es zum Putsch der faschistischen Obristen in Griechenland. Die Musik von Mikis Theodorakis wurde von den Obristen verboten, der Besitz seiner Platten, aber auch das Singen und Hören seiner Lieder wurden mit Gefängnisstrafe geahndet. Vier Monate kämpfte Theodorakis als Gründer der Patriotischen Front im Untergrund gegen die Junta. Im August wurde er verhaftet, gefoltert und einige Monate später ins Bergdorf Zatouna verbannt, Ende 1969 schließlich ins Konzentrationslager Oropos überführt, wo er sehr schwer an Tuberkulose erkrankte. Eine internationale Solidaritätsbewegung, angeführt u.a. von Dmitri Schostakowitsch, Leonard Bernstein, Arthur Miller und Harry Belafonte, setzte sich für seine Freilassung ein. Am 13. April 1970 konnte Theodorakis auf das Eingreifen des französischen Politikers und Publizisten Jean-Jacques Servan-Schreiber hin ins Exil nach Paris ausreisen. Begeistert bei seiner Ankunft gefeiert, nahm er schon wenige Wochen später, als seine Frau und seine Kinder noch Geiseln der Obristen waren (sie wurden erst im Mai aus Griechenland „entführt“), den Kampf gegen die Junta wieder auf. In den folgenden Jahren begann er seine Welttourneen, während denen er diesen Kampf mit unverminderter Energie bis zum Sturz der Diktatoren am 23. Juli 1974 fortsetzte.

In den Jahren der griechischen Militärdiktatur galt der Pazifist als Symbol des Widerstands.

Viele Griechen nennen Mikis Theodorakis „die Stimme des Volkes“.