„Ellacu, mit einer Überzeugung und mit einem Wunsch möchte ich schließen: Sie haben Dich umgebracht, weil Du der Zivilisation des Reichtums die Stirn geboten hast. Lasst uns Dich lebendig halten, weil Du eine Zivilisation der Armut verteidigt hast.“ (Jon Sobrino, Mitbruder der Jesuitenkommunität, der aufgrund eines Auslandsaufenthalts dem Überfall entgangen ist, am Schluss des letzten seiner im Echter Verlag im Jahr 2007 unter dem Titel „Der Preis der Gerechtigkeit“ veröffentlichten „Briefe an einen ermordeten Freund“)

In einer Erklärung nannte das Center for Justice and Accountabililty (CJA) das Massaker eines der größten Religionsverbrechen des 20. Jahrhunderts und einen Wendepunkt für den salvadorianischen Bürgerkrieg, in dem etwa 75.000 Menschen getötet worden sind.

Auf Drängen der Regierung in Washington und anderer Staaten wurden 1991 in El Salvador 14 Angehörige des Militärs angeklagt. Nur zwei von ihnen erhielten eine Strafe. Nach Inkrafttreten eines Amnestiegesetzes 1993 kamen die beiden Offiziere wieder auf freien Fuß. Beweise gegen die Militärführung gab es damals nicht. Jetzt hat Eloy Velasco, ein Richter am spanischen Nationalen Gerichtshof, neue Ermittlungen im Fall der ermordeten Jesuiten in El Salvador angeordnet. Zu den von den Ermittlungen wegen Kriegsverbrechen betroffenen Personen zählen René Emilio Ponce, ehemaliger Generalstabschef, und Rafael Humberto Larios, ehemaliger Verteidigungsminister. Der spanische Richter gründete seine Entscheidung auf das im spanischen Rechtssystem zulässige Konzept einer universellen Jurisdiktion in Fällen von Verbrechen gegen die Menschlichkeit. Wie aus den Akten hervorgeht, die eine spanische Tageszeitung abdruckte, waren der US-Geheimdienst CIA und das Außenministerium vorher über die Mordpläne informiert worden. Die Spitze der salvadorianischen Streitkräfte habe damals entschieden, die Geistlichen aus dem Weg zu schaffen. Der damalige Generalstabschef Ponce hatte angeordnet, Ellacuría umzubringen und alle Zeichen des Verbrechens zu beseitigen. Rafael Humberto Larios hat sich jetzt zusammen mit weiteren Ex-Militärs, die beschuldigt werden, an der Ermordung der sechs Jesuiten beteiligt gewesen zu sein, der Justiz gestellt (Publik-Forum 16/2011).

Am 11. März 2022 ist gegen den ehemaligen Präsidenten Alfredo Cristiani Burkard (1989–1994) sowie zwölf weitere Personen Anklage wegen der Beteiligung an der Ermordung von sechs Jesuiten im November 1989 erhoben wordenauch Haftbefehle gegen fünf weitere Beschuldigte, wie die Generalstaatsanwaltschaft mitteilte. Darunter war auch der frühere Oberst und Vize-Verteidigungsminister Inocente Montano, der wegen des Falls bereits eine gut 133-jährige Haftstrafe in Spanien verbüßt. Generalstaatsanwalt Rodolfo Delgado erklärte laut Twitter, dass es mit dem jahrelangen Schutz der mutmaßlichen Hintermänner nun vorbei sei.