Im Dezember 1939 wurde Pater Maximilian Kolbe mit vierzig Ordensbrüdern von der Gestapo verhaftet, aber bald wieder auf freien Fuß gesetzt. Am 14. Februar 1941 wurde er erneut festgenommen; ein Hauptgrund war, dass er in Niepokalanów 2.300 Juden und dazu noch anderen polnischen und ukrainischen griechisch-katholischen Flüchtlingen Zuflucht gewährte. Er wurde in das Warschauer Zentralgefängnis gebracht und im Mai desselben Jahres in das Konzentrationslager Auschwitz-Birkenau verlegt, wo er weiter als Priester und Seelsorger wirkte. Am 29. Juli 1941 wurden Männer als Vergeltungsmaßnahme für die nur vermutete Flucht eines anderen Häftlings (dessen Leiche später gefunden wurde) zur Ermordung aussortiert. Als einer der Männer, Franciszek Gajowniczek, in lautes Wehklagen um sich und seine Familie ausbrach, bat Pater Kolbe den Kommandanten Karl Fritzsch, den Platz von Gajowniczek (der eine Frau und zwei Söhne hatte) einnehmen zu dürfen, und wurde am 31. Juli 1941 in den berüchtigten „Hungerbunker“ gesperrt. Dort betete er mit seinen Leidensgenossen und tröstete sie. Am 14. August wurden Pater Kolbe und drei andere Verurteilte, die noch nicht verhungert waren, durch Phenolspritzen umgebracht und im Krematorium verbrannt. Franciszek Gajowniczek überlebte das Konzentrationslager und starb 1995.